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Linux上常用的文件(打包)解压和压缩工具:tar

biostack 2017-11-28

本文介绍如何在Liunux命令行下完成文件(夹)压缩和解压操作,生物信息应用常见的压缩文件有: zipgztar.gzbz2tar.bz2xz7z 等, 后面会一一介绍各种(打包)压缩。

tar.gz 打包、压缩、解压

官方文档: GNU tar, 中文文档: wikipedia

.tar.gz 或者 .tgz 文件其实在是tar打包基础上进行 gzip 压缩,可以分成两步:第一步,打包,第二步,压缩。 不过基本都是使用 tar 命令通过一部操作完成。

命令行接口: 通过下面命令可以查看所有支持的命令行选项:

$tar --help

主要选项解读:

-c: 创建归档文件; -x:解压归档文件; -z: 使用gzip进行压缩/解压; -j: 使用bzip2进行压缩/解压; -t: 查看归档文件列表; -v: 在终端显示进度; -f: 指定打包(压缩)文件名称; -C: 指定解压路径;默认当前路径; -O: 将所有输出文件重定向到标准输出流;

实例 组合各种操作可以完成一系列不同目的任务:

1.当前目录文件列表:

$ tree -L 2 uparse uparse ├── otus.fa ├── otu_table_freqs.txt ├── otu_table.json └── otu_table.txt

2. 创建归档:

$tar czvf  uparse.tar.gz  uparse uparse/ uparse/otu_table.txt uparse/otu_table.json uparse/otu_table_freqs.txt uparse/otus.fa $ls uparse  uparse.tar.gz $rm -rf uparse

可以看到已创建:uparse.tar.gz文件,组合使用了czvf,创建、压缩、执行压缩文件并显示进度, 为演示解压,将原始文件夹删除。

3. 解压:

$ tar xzvf  uparse.tar.gz uparse/ uparse/otu_table.txt uparse/otu_table.json uparse/otu_table_freqs.txt uparse/otus.fa $ls uparse  uparse.tar.gz

文档已经解压到当前路径, 可以通过-C指定解压路径,

$mkdir tmp $pwd /biostack/task/linux $tar xzvf  uparse.tar.gz  -C  /biostack/task/linux/tmp $ ls tmp uparse

4. 查看文件列表:

$ tar tf uparse.tar.gz uparse/ uparse/otu_table.txt uparse/otu_table.json uparse/otu_table_freqs.txt uparse/otus.fa

5. 使用bzip2压缩和解压:

$tar cjvf  uparse.tar.bz2  uparse $tar xjvf  uparse.tar.bz2

速查手册:compress-file-unix-linux-cheat-sheet

本文材料为 BASE (Biostack Applied bioinformatic SEies ) 课程 Linux Command Line Tools for Life Scientists 材料, 版权归 上海逻捷信息科技有限公司 所有。


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