Linux上常用的文件（打包）解压和压缩工具：tar

本文介绍如何在Liunux命令行下完成文件(夹)压缩和解压操作，生物信息应用常见的压缩文件有： zip、 gz、 tar.gz、 bz2、 tar.bz2、xz、 7z 等， 后面会一一介绍各种（打包）压缩。

tar.gz 打包、压缩、解压

官方文档： GNU tar， 中文文档： wikipedia

.tar.gz 或者 .tgz 文件其实在是tar打包基础上进行 gzip 压缩，可以分成两步：第一步，打包，第二步，压缩。 不过基本都是使用 tar 命令通过一部操作完成。

命令行接口： 通过下面命令可以查看所有支持的命令行选项：

$tar --help

主要选项解读：

-c: 创建归档文件； -x：解压归档文件； -z: 使用gzip进行压缩／解压； -j: 使用bzip2进行压缩／解压； -t: 查看归档文件列表； -v: 在终端显示进度； -f: 指定打包（压缩）文件名称； -C: 指定解压路径；默认当前路径； -O: 将所有输出文件重定向到标准输出流；

实例 组合各种操作可以完成一系列不同目的任务：

1.当前目录文件列表：

$ tree -L 2 uparse uparse ├── otus.fa ├── otu_table_freqs.txt ├── otu_table.json └── otu_table.txt

2.　创建归档：

$tar czvf  uparse.tar.gz  uparse uparse/ uparse/otu_table.txt uparse/otu_table.json uparse/otu_table_freqs.txt uparse/otus.fa $ls uparse  uparse.tar.gz $rm -rf uparse

可以看到已创建：uparse.tar.gz文件，组合使用了czvf，创建、压缩、执行压缩文件并显示进度， 为演示解压，将原始文件夹删除。

3.　解压:

$ tar xzvf  uparse.tar.gz uparse/ uparse/otu_table.txt uparse/otu_table.json uparse/otu_table_freqs.txt uparse/otus.fa $ls uparse  uparse.tar.gz

文档已经解压到当前路径, 可以通过-C指定解压路径，

$mkdir tmp $pwd /biostack/task/linux $tar xzvf  uparse.tar.gz  -C  /biostack/task/linux/tmp $ ls tmp uparse

4.　查看文件列表：

$ tar tf uparse.tar.gz uparse/ uparse/otu_table.txt uparse/otu_table.json uparse/otu_table_freqs.txt uparse/otus.fa

5. 使用bzip2压缩和解压：

$tar cjvf  uparse.tar.bz2  uparse $tar xjvf  uparse.tar.bz2

速查手册：compress-file-unix-linux-cheat-sheet

本文材料为 BASE (Biostack Applied bioinformatic SEies ) 课程 Linux Command Line Tools for Life Scientists 材料， 版权归 上海逻捷信息科技有限公司 所有。