R语言学习之路（四）_vlambda技术博客

vlambda
2020-09-27

R语言学习之路（四）

生存曲线的R语言

生存曲线简介

生存曲线是用图表示一个种群的生存状况或死亡过程。一般以存活数量的对数值为纵坐标，以年龄为横坐标作图。1958年，Edward L.Kaplan和Paul Meier首次在临床研究中提出了生存曲线的概念，因此又被称为Kaplan-Meier曲线，主要用于对各组患者的生存状况进行描述。

函数介绍

ggsurvplot(
  fit,
  data = NULL,
  fun = NULL,
  color = NULL,
  palette = NULL,
  linetype = 1,
  conf.int = FALSE,
  pval = FALSE,
  pval.method = FALSE,
  test.for.trend = FALSE,
  surv.median.line = "none",
  risk.table = FALSE,
  cumevents = FALSE,
  cumcensor = FALSE,
  tables.height = 0.25,
  group.by = NULL,
  facet.by = NULL,
  add.all = FALSE,
  combine = FALSE,
  ggtheme = theme_survminer(),
  tables.theme = ggtheme,
  ...)

#ggsurvplot（）是绘制生存曲线的通用函数。具体参数的含义，可在R语言中通过?ggsurvplot获得帮助。所有参数在不设置的情况下，均为默认值。

survfit() #根据公式创建生存曲线

surv(time, status) #如果是自己的数据集，将时间和状态改为自己的标签即可

操作步骤

> library(ggplot2)

> library("survminer")

> library(survival)

> fit<- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)

> ggsurvplot(fit, data = lung,title = "Survival curves",subtitle = "Based on Kaplan-Meier estimates",font.title = c(16, "bold", "darkblue"),font.subtitle = c(15, "bold.italic","purple"), font.caption = c(14, "plain", "orange"), font.x= c(14, "bold.italic", "red"),risk.table =TRUE,pval = TRUE,pval.method = TRUE)

#此处用的数据是R自带的数据lung，如果处理自己的数据，可先将数据存入工作目录中，然后lung改为自己的数据名称即可 font.title = c(16, "bold", "darkblue"),font.subtitle = c(15, "bold.italic","purple"), font.caption = c(14, "plain", "orange"), font.x= c(14, "bold.italic", "red") 这些均为调整字体大小的函数。

典型实例