FLASKI: 一个基于python flask开发的生信Web平台
最近在一篇文献的材料方法中看到火山图用到了Flaski这个工具,出于好奇就google了一番,发现这竟是一个基于python falsk搭建的一个web应用,还上传了不少下游分析中的工具,比如火山图、PCA、小提琴图、DAIVD注释之类的,登录后右上角简单注册即可,目前有二十个工具可使用。。
YouTube教程:https://www.youtube.com/channel/UCQCHNHJ23FGyXo9usEC_TbA/videos
作者将示例教程上传到了Youtubu上,可以通过科学上网浏览一下,根据视频内容修改文件为对应的格式上传提交即可出图,也可公号后台回复【flaski】获取视频。
这里简单展示两个应用
火山图
示例文件还是老三样:基因ID,log2foldchange,Pvalue,感兴趣的基因增添一列即可。
KEGG分析
这个功能我比较喜欢,可以通过我们提供的代谢物ID号,批量查询所处的通路,研究代谢组可能会常用到~
上传文件格式只需要三列:化合物的HMDB号(人类代谢组数据库)、colour、compound。
有时候我们代手里的ID可能是KEGG中的Compound号(C+五位数字),这里再推荐大家一个化合物ID转换的网站CTS Proxy: http://cts.fiehnlab.ucdavis.edu/batch,也比较方便,基本代谢物种各种类型的ID都涵盖的有了。
之后粘贴数据,然后选择物种(目前只支持4种模式物种:人、鼠、线虫、果蝇),点击Submit后右侧就会直接给出注释到代谢通路名称及kegg的链接,贴心的是有reference pathway和species pathway两种,所以这里即使研究的其它非模式的物种,只要有ID号,也可以参考reference 的结果
我们复制一个通路链接看下,可以看到提供的代谢物在通路里高亮显示,颜色就是输入文件所提供的颜色
其他的功能大家就自己去探究吧~这个web还是做得挺不错的!