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用linux工作,事半功倍!


最近看到一篇文章:《完全用Linux工作》,写得非常好,回想起当时自己苦逼的生信学习之路,感触良多,下面就跟大家唠叨唠叨!
原文地址:https://www.douban.com/group/topic/12121637/
用linux工作,事半功倍!
文章很长,为节约大家的时间,在此总结一下我觉得有意思的观点:
1. 假如你从来没有用过 windows,你肯定也很习惯 诸如这些 /etc, /usr, /usr/local,......而不是 C:, D:, E:, ... 是不是?如果你从一开始只用过Linux,你第一次用 windows 时恐怕也会惊讶地问:"/bin 目录哪里去了啊!?"  ,所以说并非linux多么高深,习惯成自然而已。
2. 学 linux 绝对不是浪费时间。用过linux分析数据之后,才发现在linux系统上分析数据的效率是windows没法比拟的。虽然前期学习linux会花上一部分的时间和精力,但是,一但你学会和习惯了linux的工作方式,你才会真正理解这句“磨刀不误砍柴工”。举个例子,你在windows上整理一个表格花费了你一天的时间,数据一但调整,需要重新分析的时候,又要花费你一天的时间,是不是很痛苦?而在linux上你只需要几条命令或者一个简短的脚本分分钟就能完成,即使数据有变动,只要稍稍改一改脚本或者命令瞬间就能完成,是不是很牛?最重要的,这些分析步骤都可以记录,可溯源;这一点是windows无法比拟的。
用linux工作,事半功倍!
3. Linux 的系统操作方法几十年都没有很大变化,这可不是顽固或者固步自封,反而是Linux的远见卓识的体现!而windows系统一直在不断的升级,每一次升级你都要花时间去适应和学习,而linux你学习一次受用终身。windows上的软件也是一样,例如office从2003,2007,2010每一次升级我们都需要去适应和学习,真的讨厌但却又无可奈何。相反,在linux系统就完全是另一种境界,例如,vi 作为linux的一个文本编辑器, 伴随着 UNIX 的最初发行而诞生,直到今天还是世界上头两号编辑器之一,我认识的一位60多岁的老师,用vi都几十年了,没有变化一直在用,是不是很神奇!
用linux工作,事半功倍!
然而在生物领域,大多数人都是用windows工作的,对linux系统知之甚少,甚至大部分人认为:linux是学计算机的人用的,我们不学计算机,不需要用linux;记得当初的小编也是这么认为的,可是毕业时,“优秀毕业生”、“优秀毕业论文” 等头衔十之六七都被搞生信的同学拿走了!更有甚者直接申请国外的奖学金,漂洋过海镀金去了!真是开挂了一样!
用linux工作,事半功倍!
最后,我再根据我的理解简单总结一下学习生物信息的好处:
1. 可以实现自动化:相同或相近的工作可以编写代码或者脚本完成,遇到类似分析只要换换文件,改变一下参数,就能自动完成,这就是我们编写的pipline分析流程。
2. 几乎所有的生物信息分析软件最开始都是基于linux系统开发的,在windows上根本无法使用,二代测序领域的分析软件更是如此,像bwa,tophat等比对软件、组装软件等等在windows上是不能使用的;再有就是由于生物数据量越来越大,对处理性能要求远远大于UI操作需求,那么windows就力不从心了,只能linux上场。
3. 发表论文中很多精美的图片,尤其是高水平的文章,很多都是用绘图语言完成的,而不是Excel,Excel能做的事情实在太少了!

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