用linux工作，事半功倍！

vlambda
2022-05-04

用linux工作，事半功倍！

最近看到一篇文章:《完全用Linux工作》，写得非常好，回想起当时自己苦逼的生信学习之路，感触良多，下面就跟大家唠叨唠叨！

原文地址：https://www.douban.com/group/topic/12121637/

文章很长，为节约大家的时间，在此总结一下我觉得有意思的观点：

1. 假如你从来没有用过 windows，你肯定也很习惯诸如这些 /etc, /usr, /usr/local,......而不是 C:, D:, E:, ... 是不是？如果你从一开始只用过Linux，你第一次用 windows 时恐怕也会惊讶地问："/bin 目录哪里去了啊！？" ，所以说并非linux多么高深，习惯成自然而已。

2. 学 linux 绝对不是浪费时间。用过linux分析数据之后，才发现在linux系统上分析数据的效率是windows没法比拟的。虽然前期学习linux会花上一部分的时间和精力，但是，一但你学会和习惯了linux的工作方式，你才会真正理解这句“磨刀不误砍柴工”。举个例子，你在windows上整理一个表格花费了你一天的时间，数据一但调整，需要重新分析的时候，又要花费你一天的时间，是不是很痛苦？而在linux上你只需要几条命令或者一个简短的脚本分分钟就能完成，即使数据有变动，只要稍稍改一改脚本或者命令瞬间就能完成，是不是很牛？最重要的，这些分析步骤都可以记录，可溯源；这一点是windows无法比拟的。

3. Linux 的系统操作方法几十年都没有很大变化，这可不是顽固或者固步自封，反而是Linux的远见卓识的体现！而windows系统一直在不断的升级，每一次升级你都要花时间去适应和学习，而linux你学习一次受用终身。windows上的软件也是一样，例如office从2003，2007,2010每一次升级我们都需要去适应和学习，真的讨厌但却又无可奈何。相反，在linux系统就完全是另一种境界，例如，vi 作为linux的一个文本编辑器，伴随着 UNIX 的最初发行而诞生，直到今天还是世界上头两号编辑器之一，我认识的一位60多岁的老师，用vi都几十年了，没有变化一直在用，是不是很神奇！

然而在生物领域，大多数人都是用windows工作的，对linux系统知之甚少，甚至大部分人认为：linux是学计算机的人用的，我们不学计算机，不需要用linux；记得当初的小编也是这么认为的，可是毕业时，“优秀毕业生”、“优秀毕业论文” 等头衔十之六七都被搞生信的同学拿走了！更有甚者直接申请国外的奖学金，漂洋过海镀金去了！真是开挂了一样！

最后，我再根据我的理解简单总结一下学习生物信息的好处：

1. 可以实现自动化：相同或相近的工作可以编写代码或者脚本完成，遇到类似分析只要换换文件，改变一下参数，就能自动完成，这就是我们编写的pipline分析流程。

2. 几乎所有的生物信息分析软件最开始都是基于linux系统开发的，在windows上根本无法使用，二代测序领域的分析软件更是如此，像bwa，tophat等比对软件、组装软件等等在windows上是不能使用的；再有就是由于生物数据量越来越大，对处理性能要求远远大于UI操作需求，那么windows就力不从心了，只能linux上场。

3. 发表论文中很多精美的图片，尤其是高水平的文章，很多都是用绘图语言完成的，而不是Excel，Excel能做的事情实在太少了！

组学大讲堂为你而来

我们的团队有上千个生物科研项目的数据分析经验，总结出了适合生物领域学员的生信培训课程，从基础生信语言、分析技巧到高阶的项目数据系统分析。让你从0基础的小白到生信分析专家，为你在就业履历上添加重要的核心竞争力！

截止到今天，组学大讲堂共计发布40+门生物信息视频教程，涵盖转录调控、群体研究、癌症数据库挖掘、基因组分析、Linux系统使用、微生物研究、生信语言（Python、R、Perl）等方向，学员数量已超过40000人！多门课程被推送到网易云课堂首页推荐位，并在网易官方的金云奖评选中荣获平台潜力奖，我们也是唯一入选的生物信息类团队！

本月组学大讲堂自建网校平台正式上线！将举办一系列特惠活动，活动安排如下：

用linux工作，事半功倍！