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[爆炸好用神器04]-不会R语言的前提下,一网打尽芯片,测序数据分析!附赠高颜值Figure

紧接着上期预告,这一次继续分享网页版神器了,本期主题:全程点击的方式下做一套数据挖掘分析


先来假设一个问题,想分析一套芯片或测试的表达矩阵数据,然后不会R语言?那我们该怎么做?下面 step by step ,首先来到网页版神器的界面:

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首页咱们就不看了,网页总的来讲非常干净,能做的分析大家可以看下,其实就是一整套的分析流程,一般的公司顺便做的那种流程基本就是这样了,不,远没有这么丰富。这里有一个比较重要的一点就是,准备好自己的数据格式,跟网页要求的一样。


给大家留个链接:https://idepsite.wordpress.com/data-format/ 工具的作者准备好的,自己导入的数据格式要准备下哈。


数据预处理


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看看这个图不就是用 R语言分析预处理的过程嘛,注意哦这些高清图片是可供下载的!充分满足大家的需求:

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等等,还有惊喜:

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查看自己感兴趣的基因表达, 高颜值图片可下载

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高颜值可交互式调节的聚类热图免费送


 

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样本相关性矩阵:

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K-means聚类


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可以放到Paper里的PCA分析


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差异基因分析

 

[爆炸好用神器04]-不会R语言的前提下,一网打尽芯片,测序数据分析!附赠高颜值Figure高颜值火山图免费领,这样的图白介素同学自己用 R做都不一定有它好看,once again,可下载高质量矢量图!

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上调和下调基因的GO或者KEGG等等其它所有的类似 ,上面其实已经有了,这次来一个完整的图。

 

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[爆炸好用神器04]-不会R语言的前提下,一网打尽芯片,测序数据分析!附赠高颜值Figure然后下面还可以展示通路上的基因的热图:

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还有一个聚类的功能:

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WGCNA数据挖掘,说到这个白介素同学表示后悔了,昨天也提供一个在线的完成 WGCNA的网页神器(),好这里大概就是第二个了。

 

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这个神器确实不是一般的毒!

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模块基因的富集分析

 

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再来一个爆炸福利,分析代码免费送

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最后再提一下,这个工具还衔接起了ARCHS4 整合公共RNA-seq数据库,方便大家使用。


白介素同学迄今见过的最好用的数据挖掘工具了,非常适合生物医学背景的研究人员(请得起专业生信工程师的当我没说)。once again, 白介素同学墙裂推荐!


参考文献:

https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2486-6

神器网址:

http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/


注:此推文未经许可禁止转载!


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