[爆炸好用神器04]-不会R语言的前提下,一网打尽芯片,测序数据分析!附赠高颜值Figure
紧接着上期预告,这一次继续分享网页版神器了,本期主题:全程点击的方式下做一套数据挖掘分析
先来假设一个问题,想分析一套芯片或测试的表达矩阵数据,然后不会R语言?那我们该怎么做?下面 step by step ,首先来到网页版神器的界面:
首页咱们就不看了,网页总的来讲非常干净,能做的分析大家可以看下,其实就是一整套的分析流程,一般的公司顺便做的那种流程基本就是这样了,不,远没有这么丰富。这里有一个比较重要的一点就是,准备好自己的数据格式,跟网页要求的一样。
给大家留个链接:https://idepsite.wordpress.com/data-format/ 工具的作者准备好的,自己导入的数据格式要准备下哈。
数据预处理
看看这个图不就是用 R语言分析预处理的过程嘛,注意哦这些高清图片是可供下载的!充分满足大家的需求:
等等,还有惊喜:
查看自己感兴趣的基因表达, 高颜值图片可下载
高颜值可交互式调节的聚类热图免费送
还有惊喜:
样本相关性矩阵:
K-means聚类
可以放到Paper里的PCA分析
差异基因分析
高颜值火山图免费领,这样的图白介素同学自己用 R做都不一定有它好看,once again,可下载高质量矢量图!
上调和下调基因的GO或者KEGG等等其它所有的类似 ,上面其实已经有了,这次来一个完整的图。
然后下面还可以展示通路上的基因的热图:
还有一个聚类的功能:
WGCNA数据挖掘,说到这个白介素同学表示后悔了,昨天也提供一个在线的完成 WGCNA的网页神器(),好这里大概就是第二个了。
这个神器确实不是一般的毒!
模块基因的富集分析
再来一个爆炸福利,分析代码免费送
最后再提一下,这个工具还衔接起了ARCHS4 整合公共RNA-seq数据库,方便大家使用。
白介素同学迄今见过的最好用的数据挖掘工具了,非常适合生物医学背景的研究人员(请得起专业生信工程师的当我没说)。once again, 白介素同学墙裂推荐!
参考文献:
https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-018-2486-6
神器网址:
http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/
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