基因组规模代谢网络模型构建、分析工具与数据库一览
相信有了这些软件、数据库的加持，我国微生物组功能的研究必将事半功倍！遗憾的是这些主流的工具箱和开源数据库还是国外的为主，我国亟需建立自己的核心工具箱与专业数据库。
| 工具箱 | 功能总结 |
| COBRA | 基于约束的模型计算基础套件，在MATLAB上运行。可以用于代谢模型构建与分析。最近也包含了一些微生物组代谢模型的构建及相互作用分析 |
| cobrapy | 与COBRA类似，功能要少一些，在python上运行 |
| RAVEN | 与COBRA类似，功能要少一些，在MATLAB上运行，包含一些预测饮食与微生物组相互作用的工具 |
| sybil | 与COBRA类似，功能要少一些，在R上运行 |
| Kbase | 网页工具，可以用于代谢模型的自动化构建于分析 |
| BacArena | 用于肠道菌群中菌株水平代谢模型的构建，在R上运行 |
| gapseq | 用于微生物群落中菌株水平代谢模型的构建与分析，在R上运行 |
| CarveMe | 用于微生物群落中菌株水平代谢模型的构建与分析，在python上运行 |
| COMETS | 单菌株水平计量学模型的动态流平衡分析(dynamic FBA) |
| MCM | 基于传统流平衡分析的微生物群落模型计算工具 |
| DyMMM | 可将多个菌株的信息整合到动态微生物群落模型中 |
| OptCom | 开展微生物群落流平衡分析的工具 |
| SteadyCom | 可以根据饮食变化预测微生物组中菌落丰度的变化 |
| MetExplore | 网页工具，用于代谢物组和代谢模型的关联分析 |
| Mminte | 通过代谢模型预测菌株的两两相互作用规律 |
| Metage2Metabo | 用于微生物群落中菌株水平代谢模型的构建与分析，在python上运行。可以用于从大型微生物菌落中提取关键菌株用于更加深入的研究。 |
| jQMM library | 可以进行流平衡分析和基于13C标记的通量分析，在python上运行 |
| 数据库 | 功能总结 |
| BiGG database | 高质量代谢模型数据库 |
| Virtual Metabolic Human (VMH) | 人类和肠道微生物代谢模型数据库 |
| ModelSEED | 高质量生化反应数据库 |
| Human Metabolic Atlas (HMA) | 人类代谢开源数据库 |
| MetaCyc/HumanCyc | 有实验证据校正的生化反应与代谢途径数据库 |
| KEGG | 综合数据库，保罗万象 |
| BRENDA | 酶功能注释数据库 |
| REACTOME | 开源生化反应途径数据库 |
| UniProt | 开源的蛋白质功能注释数据库 |
| Rhea | 高质量生化反应数据库 |
| MetaNetX | 生化反应开源数据库，具备多个数据库信息的链接 |
主要参考文献:
Metabolites 2019, 9, 22; doi:10.3390/metabo9020022