R语言实现SCI级别颜色搭配
大家投过文章的想必都有为绘图的色彩纠结的不得了的时候，今天就给大家介绍一个别人基于一些科研杂志，可视化库甚至科幻电影进行了一些颜色模板的设计的R包ggsci。安装我们就不多说了：
install.packages("ggsci")install.packages("ggplot2")install.packages("gridExtra")install.packages("gridExtra")
我们首先看下此包都预设了哪些相关的模板，具体内容如下表：
接下来我们就直接利用包自带的实例给大家演示下。首先，我们看下在不做处理的情况下：
library("ggsci")library("ggplot2")library("gridExtra")data("diamonds")p1 = ggplot(subset(diamonds, carat >=2.2), aes(x = table, y = price, colour = cut)) +geom_point(alpha = 0.7) +geom_smooth(method = "loess", alpha =0.05, size = 1, span = 1) + theme_bw()p2 = ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2& depth > 55 & depth < 70), aes(x = depth, fill = cut)) +geom_histogram(colour= "black", binwidth = 1, position = "dodge") +theme_bw()grid.arrange(p1, p2, ncol = 2)
接下来我们看下包中的模板怎么加进去。以NPG为例，我们直接看实例：
p1_npg = p1 + scale_color_npg()p2_npg = p2 + scale_fill_npg()grid.arrange(p1_npg, p2_npg, ncol = 2)
我们再看一个在科幻电影《Tron Legacy》中的风格：
p1_tron = p1 + theme_dark() + theme(panel.background= element_rect(fill = "#2D2D2D"),legend.key = element_rect(fill = "#2D2D2D")) +scale_color_tron()p2_tron = p2 + theme_dark() + theme(panel.background= element_rect(fill = "#2D2D2D")) +scale_fill_tron()grid.arrange(p1_tron, p2_tron, ncol = 2)
最后我们看下此包对于连续性的颜色变化的设置，其实所谓连续性的颜色变化主要应用于热图中可以实现颜色的过度。那么，我们直接看下实例，首先是一个原始的数据设置：
library("reshape2")data("mtcars")cor = cor(unname(cbind(mtcars, mtcars,mtcars, mtcars)))cor_melt = melt(cor)p3 = ggplot(cor_melt, aes(x = Var1, y =Var2, fill = value)) +geom_tile(colour = "black", size = 0.3) +theme_bw()+theme(axis.title.x = element_blank(),axis.title.y = element_blank())
然后，我们看下GSEA GenePattern的样式情况：
p3_gsea = p3 + scale_fill_gsea()p3_gsea_inv = p3 + scale_fill_gsea(reverse= TRUE)#可以实现颜色的颠倒grid.arrange(p3_gsea, p3_gsea_inv, ncol =2)
当然我们也可以使用Material Design模板中19种颜色的过度，我们随便取其一种看下实例：
p3+ scale_fill_material("blue")或许我们看中了他其中的某一个或者几个颜色，那么我们也可以把这个颜色提取出来应用于其它的绘图系统，具体提取过程如下：
mypal = pal_npg("nrc", alpha =0.7)(9)##提取颜色library("scales")show_col(mypal)##对应颜色代码
欢迎大家互相学习交流！