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书籍推荐--R语言你不知道的那些事


书籍推荐--R语言你不知道的那些事 今天是生信星球陪你的第604天书籍推荐--R语言你不知道的那些事


   大神一句话,菜鸟跑半年。我不是大神,但我可以缩短你走弯路的半年~

   就像歌儿唱的那样,如果你不知道该往哪儿走,就留在这学点生信好不好~

   这里有豆豆和花花的学习历程,从新手到进阶,生信路上有你有我!

豆豆写于2020.4.22
看到一本很薄的教程,和你分享:What They Forgot to Teach You About R (Jennifer Bryan, Jim Hester)
链接在:https://rstats.wtf/index.html

作者和我们分享了一些他们认为比较使用的R语言技巧,我也刚开始粗略地看了一下,一起学习吧

主要章节

有的章节也不完整或者不太重要(用非加粗字体显示)

Chapter 1 Saving source and blank slates

  • 1.1 Save source, not the workspace

  • 1.2 Use an IDE

  • 1.3 Always start R with a blank slate

  • 1.4 Restart R often during development

  • 1.5 What’s wrong with `rm(list = ls())`?

  • 1.6 Objects that take a long time to create:大型数据及时保存成Rdata

  • 1.7 Automated workflows

Chapter 2 Project-oriented workflow

主要讲解项目管理方式,包括setwd.Rproj,但现在一般都是直接用后者来管理【看:】

Chapter 3 Practice safe paths

Chapter 4 How to name files

内容来自https://speakerdeck.com/jennybc/how-to-name-files

另外关于各种文件的命名,还有东西和你分享:
看到大佬在召唤相关的知识,下面的评论区一片答案:

  • 博文:https://datacarpentry.org/spreadsheet-ecology-lesson/02-common-mistakes/

  • PPT:http://www2.stat.duke.edu/~rcs46/lectures_2015/01-markdown-git/slides/naming-slides/naming-slides.pdf

Chapter 5 API for an analysis

内容来自:https://speakerdeck.com/jennybc/zen-and-the-art-of-workflow-maintenance?slide=57

Chapter 6 Get to know your R installation

Chapter 7 R Startup

讲了两个重要的配置文件

  • 7.1 .Renviron

  • 7.2 .Rprofile

  • 7.3 Disabling startup files

Chapter 8 Maintaining R

  • 升级或者降级R包版本;

  • R大版本升级后,怎么移动R library

Chapter 9 Set up an R dev environment

就是讲的R语言的安装和基本开发环境的配置

Chapter 10 Install a source package

介绍了几种利用devtools安装的方法

Chapter 11 Debugging R code

  • Use traceback() to determine where a given error is occurring.

  • Output diagnostic information in code with print(), cat() or message() statements.

  • Use browser() to open an interactive debugger before the error

  • Use debug() to automatically open a debugger at the start of a function call.

  • Use trace() to start a debugger at a location inside a function.

  • 最后还有Rmarkdown的 debug

Chapter 12 Read the source

Chapter 13 Reproduce the problem


点击底部的“阅读原文”,获得更好的阅读体验哦😻

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