R语言系列X4:ROC制作之geomROC包详解

vlambda
2020-03-11

R语言系列X4:ROC制作之geomROC包详解

导读

在R中做ROC分析、画ROC曲线的包已经有很多了，像pROC、ROCit等，但是想把几条ROC曲线画在一起，并且随意调节相关参数，仍然不是那么容易的事情。ggplot2包画图功能强大，可以随意调节图形的参数。因此，我基于ggplot2包开发了geomROC包，可以随意画ROC曲线。

1、安装包

devtools::install_github('yikeshu0611/geomROC')

安装geomROC包的时候，会一起安装ROCit包、pROC包、ggplot2包，并且是依赖关系，geomROC包对数据的处理支持ROCit包和pROC包，画图基于ggplot2包，所以是依赖关系，也就是调用geomROC包时，这个3个包会同时被调用。

2、做3个ROC

library(geomROC)r1=rocit(score = Diabetes$chol, class = Diabetes$dtest)r2=rocit(score = Diabetes$bmi, class = Diabetes$dtest)r3=rocit(score = Diabetes$hdl, class = Diabetes$dtest)

3、画ROC曲线

做完分析，我就想画图，并且把他们画在一起。画图的命令只有1个geom_roc,要配合ggplot()命令一起使用。

3.1画1条ROC曲线

ggplot()+ geom_roc(r1)

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3.2画2条ROC曲线

ggplot()+ geom_roc(r1)+ geom_roc(r2)

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3.3画3条ROC曲线

ggplot()+ geom_roc(r1)+ geom_roc(r2)+ geom_roc(r3)

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4、美化一下

上面的图看起来是不是太单调了，没有用颜色(color)或者线型(line type)区分他们，那就加个颜色、大小、线型吧。如果你熟悉ggplot2，那下面的操作就不用我教了吧，完全和ggplot2一样。

4.1加个颜色

ggplot()+ geom_roc(r1,color='red')+ geom_roc(r2,color='blue')+ geom_roc(r3)

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4.2变个大小

ggplot()+ geom_roc(r1,size=1)+ geom_roc(r2,size=2)+ geom_roc(r3,size=3)

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4.3变个线型

ggplot()+ geom_roc(r1,linetype=1)+ geom_roc(r2,linetype=2)+ geom_roc(r3,linetype=3)

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5.加个图例

上面我们设置了color，linetype，size，这个只是设置了图片的内容，并没有加入图例，尤其是那个哪条曲线的AUC是多少，下面我们把这个东西加入进去，如果你是ggplot2用户，你应该知道怎么做。

5.1给1条曲线加个颜色图例

ggplot()+ geom_roc(r1,aes(color='chol'))

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5.2给2条曲线加个颜色图例

ggplot()+ geom_roc(r1,aes(color='chol'))+ geom_roc(r2,aes(color='bmi'))

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5.3给3条曲线加个颜色图例

ggplot()+ geom_roc(r1,aes(color='chol'))+ geom_roc(r2,aes(color='bmi'))+ geom_roc(r3,aes(color='hdl'))

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5.4给3条曲线加个线性（linetype）图例

ggplot()+ geom_roc(r1,aes(linetype='chol'))+ geom_roc(r2,aes(linetype='bmi'))+ geom_roc(r3,aes(linetype='hdl'))

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6、加个对角线

使用roc_diagonal()加条对角线

ggplot()+ geom_roc(r1,aes(color='chol'))+ geom_roc(r2,aes(color='bmi'))+ geom_roc(r3,aes(color='hdl'))+ roc_diagonal()

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7、美化一下

使用roc_theme()一键美化

ggplot()+ geom_roc(r1,aes(color='chol'))+ geom_roc(r2,aes(color='bmi'))+ geom_roc(r3,aes(color='hdl'))+ roc_diagonal()+ roc_theme()

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总结

这样画ROC曲线就简单很多了是不是，想怎么画怎么画，分析出结果，直接画图。更多细节设置及视频教程看这里。

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