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R是一个免费的自由软件，它有UNIX、LINUX、MacOS和WINDOWS版本，都是可以免费下载和使用的。在R的安装程序中只包含了8个基础模块，其他外在模块可以通过CRAN获得。

弦图的优势是可视化两类具有相关性、转移关系，或者有相互作用关系的数据。其中弦图中弦的方向，反映了两类对象之间的转移关系，或相关关系；弦的粗细，反映了转移强度或相互作用强度。我们可以通过弦图反映不同年份间土地利用转移的特征，或利用不同城市间的人口出入的流量，反映不同城市间的交流强度等。

图片引用于：

http://circos.ca/intro/tabular_visualization/

相关矩阵是绘制弦图的必要数据之一，它可以准确地反映不同对象两两之间存在的数值关系。除此之外，我们还可以使用邻接表，邻接表是相关矩阵的不同反映形式（主要是更好理解，具体差异如下图所示，分别为矩阵和邻接表）。

此次画图使用的软件版本是R i386 3.6.2

在绘图之前要提前在软件中安装circlize工具包，步骤如下：选择镜像工具，推荐选择Austria，这个镜像比较官方，成功选择后输入install.packages("circlize")安装工具包。

这里我们准备了一组实验数据（当然不能是实验原数据），这是一个转移矩阵，描述了土地利用类型从Map1到Map2的转移方式，我们可以种弦图对他进行可视化。

1.数据输入：

为了显而易见，可以分行输入，按照原始数据表，每一行六个数据，共六行

cells<-c(48875,736,23,454,966,1192,

562,15138,43,51,142,220,

35,31,983,10,6,2,

61,16,3,17120,41,550,

6517,1081,20,599,7518,356,

3,0,0,95,0,3212)

2.定义行列名：

在这里我们定义行名rnames，为A1-6，列名cnames，为B1-6。

rnames<-c("A1","A2","A3","A4","A5","A6")

cnames<-c("B1","B2","B3","B4","B5","B6")

3.定义矩阵

使用matrix（）定义矩阵，其中nrow与ncol为相应的行列数，应与名字对应。

fmatrix<-matrix(cells,nrow=6,ncol=6,byrow=FALSE,dimnames=list(rnames,cnames))

在数据输入后，我们可以查看一下数据是否有误，直接输入fmatrix进行查看，如下图所示：

首先对先前安装的工具包进行加载：

library(circlize)

使用工具包中的chordDiagram（）函数绘制fmatrix矩阵，结果如下所示。

chordDiagram(fmatrix)

弦图导出经常会出bug，使用复制粘贴或截图不够清晰，推荐使用file→save_as→PDF。

对于图像其他参数的调整，包括外围对象的顺序，间距，颜色，刻度，旋转角度，内部弦的边界颜色，填充颜色等，请点击阅读原文获取。

以上所展示的是弦图的主要绘制方法，细节部分还需要大家进一步探索，希望能对大家在绘制可视化效果图方面有所引导。或许使用方法不规范，如有不当之处欢迎大家留言指正。

此时此地

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