用R语言复刻Meta文献
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3月7日我们对癫痫耐药性相关的一篇Meta分析文献进行了复刻,这一篇我来带你一步步实现它!
1.下载安装R语言和Rstudio
R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。
--by:百度百科
RStudio是一款R语言的IDE,R自带的环境操作起来可能不是方便,而Rstudio很好地解决了这个问题,而且它还具有调试、可视化等功能,支持纯R脚本、Rmarkdown (脚本文档混排)、Bookdown (脚本文档混排成书)、Shiny (交互式网络应用)等。
by:简书YUENFUNGDATA
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Rstudio: https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/
2.相关包的安装
library(meta)
3.数据导入
提前在Excel中整理好数据,保存为csv格式!设置文件路径(文件夹目录)。
利用read.csv函数读入已整理数据!
setwd("C:/Users/")##设置文件路径
read.data <- read.csv("meta-data.csv")#打开csv文件
4.具体分析
meta.2 <- metabin(AG.Events,AG.n,AA.Events,AA.n,
data=read.data,sm="OR",studlab = Study)
读取文献得知,文献中用的是OR的随机模型。设置sm为OR。
5.绘图
分别用forest()函数和funnel()绘制森林图和漏斗图
forest(meta.2)
funnel(meta.2)
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森林图
漏斗图
结束!累吐血了,我的脑细胞啊啊~~~
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